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付这些老奸巨滑的属吏，对初涉官场的袁可立来说并不容易。
所谓“初生牛犊不怕虎”，袁可立显然没被眼前困难吓倒。那些奸滑的胥吏以为袁可立年少可欺，便有意想刁难他，将堆积如山的案牍抱到他面前，等着看他的难堪。没想袁可立拎起笔来，“片言立决，如风扫箨，爰书无只字出入”。那些人看得目瞪口呆，自此之后在袁可立面前无不战战兢兢，收形敛迹，再也不敢放肆。在任职推官期间，袁可立平反了大量冤案疑狱，深得百姓好评。
苏州府推官袁可立在查办涉倭案件时，发现被指为倭寇同党处以极刑者一时竟多达千余人，至殃及株连老幼无辜。于是他不惜得罪急于邀功的高官权贵，对案件进行重审，先后使数百名无辜百姓渔民免遭屠戮而获释。
当时袁可立奉命汛期巡海，一李姓千总邀袁可立共饮，席间出赠三把倭寇“武士刀”，袁可立审视之，见刀面光洁如玉，精美异常，袁可立致谢后将刀奉还。但凭经验发现这并不是倭刀，而是来源于属国琉球。
万历二十二年五月十三日，明军上报在崇明县擒获倭船一只，军方指称上有倭寇三十四名，南京为之震动，于六月二十四日上报至京师。并夸大战报说打了胜仗，击毙倭寇数百，还有大量物资船械。急于报功的军方要求迅速坐实结案将人犯处决，推官袁可立在审验时发现没有战俘的任何口供，坚持不可草菅人命。
袁可立接手时，发现被指倭寇的实际人数只有二十人，且两人已毙死杖下，另外的十八人也被以毒药致哑，偶有能语者“皆鸟语不可辩”。袁可立据理力争，主张将人犯缓死暂系吴县监狱。
重新查验所缴获的物品，竟惊讶地发现三把“倭刀”很是面熟，仔细勘验后发现就是千总在数月前让自己看过的那三把“倭刀”，又被当作“战利品”上报其中。于是顿觉案件大有蹊跷，推翻前案进行重审，马上找来李姓千总对质，但千总盛气凌人，死不承认诬良为寇，并一不做二不休一口咬定说就是在海上俘获的倭寇。
十一月二十五日，琉球贡使来中国转至南都，袁可立请他们指认，“倭寇”见贡使至，大哭，贡使一眼就认出这些全都是琉球国良民，是一次在海上运输粮食时因风漂落才不幸被官兵捕来的，贡使所述人数特征完全相合。后来这十八个琉球国民被无罪释放回国与妻子团聚。为感谢袁可立救命之恩，在琉球国建庙塑像奉祀，敬若神明。
结果上报京城，万历二十二年十二月十三日，神宗御批：“今后沿海地方获有夷人船还要详译真伪，毋得希图功赏枉害远人。”
万历二十二年冬，袁可立治行报到吏部尚书孙丕扬那里，以政绩第一拟擢升给事中，受到万历帝特别召见。时有吏科都给事中林材者巡苏州，官员们都畏惧他，行跪拜大礼，独袁可立按法定礼节长揖不拜，林材就此怀恨，挟私报复阻遏，当地驻军为袁可立鸣不平汹汹不已，袁可立作长揖平息事端。
奉命巡视京都西城，有皇帝宠幸的弄臣仗势杀人，百官不敢问，可立重捶抵罪，将罪行张榜于五都衢。这时便有人持重金至袁可立门上，可立勃然大怒道：“杀人者死，朝廷法也，即弄臣顾可脱乎？吾知有三尺，不知弄臣”。遂将说者逐出门外，众阉恨之切齿。
然而，皇帝绕过内阁直接下中旨豁免弄臣。袁可立不给皇帝面子，毅然抗旨将弄臣正法。京师称“真御史”。自袁可立巡城，无论皇亲国戚或朝中大臣，凡贪纵不法，袁可立皆一并弹劾论处。京中万民呼“袁青天”。
万历二十三年九月，雷震景德门，时皇帝宠信后宫，弄权误国，朝纲废弛。袁可立上疏：“礼祀不亲，朝讲未视，章奏不以时批答，废弃不皆录用，传造日增，赏罚日滥，非所以尽修省之实。”
袁可立尖锐指出时局之艰危：“西虏跳梁，播酋负固东海，倭患未熄，中原灾害频仍”，并直接把矛头指向万历皇帝：“郊视不亲，朝讲久废。章奏之批答不时，宫府之赏罚互异，叙迁有转石之艰，征敛有竭泽之怨。是非倒置，贤奸混淆。使忠者含冤，直者抱愤，岂应天之实乎？”
疏上，神宗大怒。于万历二十四年正月初十将袁可立削职为民，沉冤达二十六年之久。
罢官期间，袁可立与文友结联诗社，教化地方。礼贤父老，调停事务，代民请减赋税徭役。与同里大司农李汝华丈量厘清睢州田赋。又于万历四十三年力请大修睢郡城池，自此新旧两城屹立如金汤。