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; 北平记者问胡适对美军强奸女生的看法，胡适表示，自己和北大的教授、学生一样，非常愤慨。学生的集会游行抗议都无不可，但是罢课还是有欠妥当。记者又问，学生提出美军退出中国，胡校长同意吗?胡适回答，此次不幸事件为一法律问题，而美军退出中国则为政治问题，不能混为一谈。胡适回北平后，一方面尽力安抚学生，劝说他们不要上街游行，一方面安排聘请赵凤阶、燕树棠等人作为沈崇的法律顾问，进行援助。胡适在接受记者采访时称，我相信会有公正的判决。
1947年1月美军军事法庭审判此案时，胡适不顾教育部长朱家骅的劝阻，出席审判会。当军事法庭在强有力的证词证据面前不得不宣判皮尔逊犯了“强奸罪”时，胡适同在场的人握手祝贺。后来，美国海军部取消皮尔逊的强奸罪，胡适表示很失望。
由于历史原因，当时北大学生生活分为两种情况：原在西南联大复员到北大的同学，继续享受“贷金”（称贷金，贷而不还，实际上是发的伙食费），这一部分同学的食堂吃的较好，主食吃大米、白面。原在北平读书，由临时大学分配到北大的同学，生活清苦，没有“贷金”待遇，交不起昂贵的伙食费，大多在贫寒食堂吃饭，天天吃窝窝头。
有些别有用心的人，借机散布诽言，分裂同学，制造“黄白矛盾”。对此，原西南联大的同学推出胡邦定为代表，主动团结原临时大学的同学，共同组成代表团，在1946年10月中旬向胡适请愿。陈述原临大的同学生活清苦，要求北大对同学同等待遇，凡是北大同学都享受“贷金”。
胡适静听了代表的陈述，对代表们说：“你们说的意见我都听明白了。这件事不能由我一个作主，要同北大有关的负责人一起商量。涉及经费问题，还要和教育部沟通，取得他们的同意。你们先等一等，有了决定我就通知你们。”
不到一个月，11月中旬，学校通知：凡北大同学都可申请“贷金”。问题得到圆满解决。这不仅解决了同学的困难，更增强了这两部分同学的团结。
1947年初，国民党改组政府，蒋介石有意让胡适出任国民政府委员考试院院长，先后让傅斯年、王世杰劝说胡适。
胡适在给傅斯年的信中说，自己如果出来当官，“结果是毁了我三十年养成的独立地位，而完全不能有所作为。结果是连我们说公平话的地位也取消了。”那样就“成了政府的尾巴”。
他在给王世杰的回信中也说，自己坚辞不就的“理由无他，仍是要请政府为国家留一两个独立说话的人，在要紧关头究竟有点用处。我绝不是爱惜羽毛的人，前次做外交官，此次出席国大，都可证明。但我不愿意放弃我独来独往的自由。”
胡适还表示不愿在此时放弃北大，他说：“我愿意做五年或十年的北大校长，使学校有点成效，然后放手。此时放手，实无以对北大同仁，亦对不住自己总而言之，我请求蒋先生容许我留在此地为国家做点有用的事情。
1947年3月6日，胡适飞到上海，参加协和医学院董事会，并忙中偷闲，借阅了商务印书馆藏杨守敬、熊会贞的《水经注疏》。
3月13日，胡适又到达南京。当天晚上，蒋介石请胡适吃饭，胡适说明自己不想当官的理由，希望蒋介石不要逼他加入政府。
蒋介石最后说，国家不到万不得已的时候，我决不会勉强你。胡适听了，很高兴，总算松了口气，出来之后对傅斯年说：“放学了！”
实际上蒋介石并未完全放弃，此事到此并未结束。当时北大的教授也不希望胡适离开北大从政，或者以北大校长兼任国府委员。
汤用彤、饶毓泰、郑天挺联名致电教育部部长朱家骅，认为“北大方始复员，适之先生万不能中途离校”。如果兼任国府委员，“不惟妨碍北大前途，又与大学组织法不合”。三位教授还强调了胡适留任北大校长对于稳定大局的作用：“今日大局不安，教育界往往为不安之主因，适之先生在北大，对整个教育界之安定力量异常重大。”
最后经朱家骅、王世杰、傅斯年等人说情，蒋介石才作罢。4月18日，蒋介石在给胡适的电报中说：“不克延致，殊为耿耿。若有两全之道，则必借重以慰群望也。”