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安下心来，开始写自己的《中国思想史》，计划首先重写两汉三国部分，用书方面主要托此时在美国国会图书馆工作的王重民代为借阅。
1943年1月30日，胡适拿到了5000张新印制的每页200字的稿纸，可以写100万字，胡适很高兴。
2月4日凌晨，胡适写成六年来第一篇中文考证文字《〈易林〉考》，他非常高兴。
《易林》又名《焦氏易林》、《大易通变》。易学著作。汉焦延寿撰,十六卷,是西汉众多易学著作中最完善的一种,其书以一卦变六十四,六十四卦之变则为四千九十有六,各系以文词,皆四言韵语,称为“林辞”。作者依据圣人观象作《易》,观象系《易》的原则,凡《易林》之辞无一字不从象生,无一字不本之《易》,用《易》象来解释《易》理,作者在观象系《易》的时候正覆象并用。
关于《易林》的作者，一直以来大多认为是焦延寿。胡适在《〈易林〉考》中，结合相关的历史文献，经过考证，认为其作者不可能是西汉昭宣时代的焦延寿，而应是两汉之交的崔篆。
这是个至今仍争论很大的问题，胡适可谓一家之说。
因为公共图书馆的书不能随便标记、校勘或注释，不太方便。是年3月，胡适从旧金山的服务公司买了一批存书，包括《百子全书》、《群书拾补》、《宋元学案》、《明儒学案》以及唐宋明人文集等。
后来，久困书荒的胡适忽然想起好友赵元任有一套缩本《四部丛刊》，于是写信给赵元任，愿意出钱购买。没想到同样嗜书如命的赵元任竟爽快地答应了。1
1943年4月19日，赵元任的《四部丛刊》被邮寄到胡适纽约的寓所，胡适欣喜万分，打电报给赵元任说：“??i??feel??as??rich??as??indian??maheraja.??a??thousandthanks。”
胡适在日记中说：“我有了这三百多种书，大致可以解决我的‘书问题’了。以后所需，只有《道藏》、《佛藏》与理学书耳。”
手头的书有了一定积累，加上王重民等人的帮助，胡适基本可以安心写自己的《中国思想史》了。但是没过多久，胡适收到王重民寄来的一篇文章，激起了胡适的“考据癖”和为乡贤戴震打抱不平的强烈愿望，《中国思想史》的续写再度被搁置。
那是在1943年11月8日，胡适收到王重民书信中所附《跋赵一清校本〈水经注〉兼论戴赵全赵两公案》一文后，对王重民此文不甚满意。王重民此文所说“戴赵全赵两公案”是指清代关于《水经注》“戴震偷赵清，赵戴皆偷全祖望”的学术公案。
胡适在当天日记中说：“我生平不曾读完《水经注》，但偶尔检查而已。故对此大案，始终不曾发一言。但私心总觉此案情节太离奇，而王国维、孟森诸公攻击戴震太过，颇有志重审此案。”
也许胡适自己也没有想到，从此开始直到去世的近二十年的时间，他主要的学术精力都用在了“《水经注》案”上，写出的校勘考证文字有200多万字。同样，胡适在美期间的要精力也都用在此案上，那段时间胡适写信交往最多的就是王重民，主要内容是讨论《水经注》和委托王重民代为借阅相关书籍。此外，胡适还托当时在哈佛大学的杨联陞帮忙找书。
1946年1月14日，胡适在写给张元济的信中对自己这几年的“《水经注》案”作了总结，说他尽量收集相关版本，进行对勘，并参考明、清四百年的郦学成绩，“始知前辈诸公都不曾用充分时间比勘这五六百万字的主要案卷，所以都不免“以理杀人”。
除了上述研究，胡适还从1944年11月开始，在哈佛大学讲了八个月的《中国思想史》。
虽然身处海外，远离战争，但胡适并非“两耳不闻窗外事”。1944年12月，日军通过豫湘桂战役，实现打通“大陆交通线”的目的，国民党军队节节溃败，国内局势危急。胡适写信给美国陆军总长和财政总长，希望自己熟悉的美国朋友能够推动美国政府加大对中国的支援。
12月17日，胡适与张伯苓等实业、教育、文化界领袖21人发表联合宣言，要求盟国修改战略，并采取有效之军事行动，在中国战场打击敌人。
1945年8月14日，日本宣布无条件投降。胡适在当日给赵元任夫妇的信中开心地说：“我四月尾出门一次，就死了墨索里尼，就死了希忒拉，就结束了欧洲的战事！八月初又出门一次，就有了原子炸弹，就有了苏俄对日本宣战，就有了日本屈服求和！甚矣，夫门之不可不出也！”