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无限悲痛的蔡元培马上撰写挽联和祭文，以表哀思之情。
他在挽联中写道：
“是中国自由神，三民五权，推翻历史数千年专制之局；
“愿吾侪后死者，齐心协力，完成先生一二件未竟之功。”
蔡元培对孙中山先生是十分敬重的，其挽联可谓溢于言表，既挽逝者，又鞭策后人。联语不但对仗工整、构思精巧，而且言简意赅，含义深远，实为挽联中之佳作
4月12日，旅英各界华人在驻英中国使馆举行追悼大会，蔡元培亲致悼词。
他沉痛地说：“现在，孙先生的体魄，我们就是有法保存，也无法侯他活动了。然而，他的精神，还是活现在我们的精神上。我们大家若是都能本着他卓越的政见，而师法他的毅力，为不断的奋斗；师法他的度量，为无涯的容纳；将来终有一日，把孙先生所提出的三民主义完全实现。那就我们现在的追悼会，也未尝不可算是孙先生复活节了。我们还当于极沉痛的聚会中，提出极严重的责任心，才能不辜负孙先生呵……”
像民初的很多政治家一样，蔡元培也是一个优秀的演讲家。这一番话，在场的人无不动容。
随后，抗议日本资本家和英国巡捕枪杀中国工人的“五卅”运动爆发。蔡元培致电北大及全国各社会团体声援，并敦促政府“宣告列强，指明此次冲突，实为外国行政机关及其他不平等制度在华不能相安之铁证，应即废止，应特派全权专使另订平等新约，并对此役牺牲者有相当赔偿”。
五卅惨案也称为五卅血案，发生于1925年5月30日。
当日，上海学生两千余人在租界内散发传单，发表演说，抗议日本纱厂资本家镇压工人大罢工、打死工人顾正红，声援工人。并号召收回租界，被英国巡捕逮捕一百余人。
下午，万余群众聚集在英租界南京路老闸巡捕房门首，要求释放被捕学生，高呼“打倒帝国主义”等口号。英国巡捕竟开枪射击，当场打死十三人，重伤数十人，逮捕一百五十余人，造成震惊中外的五卅惨案。
五卅惨案的消息迅速传遍全国，各大、中城市纷纷罢工罢课，声援上海人民的反帝斗争。从而形成了更大规模的五卅反帝爱国运动，严重打击了帝国主义，大大提高了中国人民的觉悟，揭开了接踵而来的大革命的序幕。
时间走到了广东的国民革命军大举誓师北伐的前夜，国内的政治形势转折之时，往往就是蔡元培投身其中之时。
这个时候，北大及教育部还在一再电促蔡元培，请他回到北大校长的任上。
从欧洲回上海第二天，蔡元培就公开向报界发表谈话。他说，国内军阀混战“殊非国家、人民之福……军阀均是一丘之貉，盛衰起伏，罔民则同。故余深冀今后之政客学者，能幡然悔悟，即不能积极造成真正为国为民之军队，以扫荡恶势力，亦当消极的不予军阀助力。矫除利用军阀之心理，其无形成造福于民不少也”。
6月28日，蔡元培向北京北洋军阀的国务院和教育部再辞北大校长职，以示再不与军阀合作之意。在蔡元培看来，北洋的当权者已远远脱离了孙中山的路线，越来越成为全中国的共敌。他要支持的，是国民党.领.导下广东的国民革命军统一中国的事业。他要做一个身先士卒的坚定的国民党人。
蔡元培绝不仅是让人如沐春风式的师长，也不止是一个书斋里的学问家，那只是他多面人生中的一个侧面。蔡元培还是清末民初一位在政界具有影响力的政治家，走进蔡元培的世界，不得不再次重提他的这个侧面。
看一看学界之外蔡元培此前此后的履历，光复会会长、同盟会上海分会会长、国民政府的中央委员、第一任监察院院长、代理司法部长，便可略见端倪。当然，这绝不是说，蔡元培是一个热衷于政治的人。
名列革命家、政治家、教育家的蔡元培，到底哪一个才是他的真身？归根结底还是在教育上。而蔡元培的多重身份，给他施展教育领域的抱负、深远影响中国的教育事业提供了很大的便利。在那样一个岁月里，如果没有蔡元培这样既有学养，又有一定社会活动能力的革命家，更有其对知识和思想的深深体知，他在学界所发挥的作用，肯定是要大打折扣的。