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下的有志之士，去探索挽救危亡的出路。但一般而言因各人生活环境、个人经历和所受教育及社会地位的不同，其所选择的救亡道路各不相同。
以辛亥革命时期的新式知识分子为例，出身于中上层家庭且具有科举功名者，身处“体制内”的他们一般奉日本、沙俄或者英国经验为改造中国社会的圭臬。而视反清革命为畏途，这些人一般主张在现成体制内进行社会改良。
而出身于中下层的新式知识分子，他们改换现实的意愿更为强烈，多奉美国独立革命、法国革命道路为楷模，很多人走上“体制外”的激进改革，即暴力革命的道路。
按这个规律说来，蔡元培无疑是一个大大的例外。
蔡元培是以名翰林的身份投身到推翻现政权的暴力革命。前边说过，在封建社会，取得翰林的身份，也就意味着已跻身统治阶层的中上层。在中国传统社会里，对于一个以光耀门楣为平生大愿的普通读书人来说，到这般地境几乎是登顶造极了。尤其自清中叶以后，大学士、军机大臣、总督、巡抚这些权倾一时的职位多是由翰林出身者担当。翰林的前途，即使不是督抚重臣，仅仅终老于翰林院也足以誉满天下。
而蔡元培恰恰是年纪轻轻就具备了这样的名分。
能在自己正春风得意之时，投身到反清的民主革命中，甚至以文士之身投身革命暗杀活动，这不能不令人慨叹。或许，越是优秀的知识分子，越能超越自己的身份、名位、时势来接人处世，就越是具有独立的人格。蔡元培就是如此。
这也应了恩.格.斯的那句话，最先的抗议往往是从统治阶级内部发出的。
在很多人看来，蔡元培能基于大义而跳出自己的身份、名位，从根本上来讲，仍然来自于他在儒学熏染下形成的品质，所谓“经世致用”的理念。一般说来当中央政权强大、社会民生平稳安定时，也就是所谓的“治世”，儒士的经世观念就隐而不彰。而一旦社会危机四伏、专制衰弱、内忧外患纷至沓来之际，治国平天下的经世意识就会被激发出来。这种意识甚至可以使人能够义无反顾，舍生而取义。
蔡元培所处的时代正是中国社会最激烈动荡、国家最衰微的时代。他的青壮年时期，在中国发生了中法战争、甲午战争、八国联军侵华，以及戊戌变法、义和团运动等足以撼动国本的大事件。风雷激荡的社会状况强烈激发了蔡元培内心深处的忧患意识，也为其经世思想的实践提供了历史条件。
此一时期，一大批有影响的儒学思想家，如林则徐、魏源、龚自珍、姚莹、何秋涛等，以治国平天下自许、以挽救民族危亡为己任，在当时中国思想学术界形成了蔚为大观的竞相追求新知的盛况，为蔡元培汲取经世思想提供了丰富的思想养料。
蔡元培受龚自珍影响尤巨。他自1888年即开始研读龚自珍的著作，“自戊己来，读定庵先生文，喜而学之”，故反复阅读并作详细读书札记，对龚自珍的思想、行文风格十分熟悉。龚自珍主张“更法”，蔡元培则强调社会由“据乱世”过渡到“升平世”，必须有量的积累，也隐含着“更法”改革的要求。时人有评，称蔡元培可谓当代的龚自珍。
于是，有人说，从表面上看蔡元培很反传统，实质来看，蔡元培自身的作略，其思想底蕴恰恰来自于儒家学说的熏染。问题就在于，正是蔡元培用自己的人生践行着儒家的一些内在精神，这恰恰使他对于儒学、中国传统文化的一些外在的形式不那么看重，乃至于很快就能坚决地转到投身革命，以及后来宣扬新知、新文化的队伍中去。
他骨子里透出来的担当和关怀天下、奋不顾身的责任感，不为个人得失斤斤计较，又谦和而不冥顽，这些都可说的上是儒士风骨的延续。
其实，在笔者看来，蔡元培的“翰林造反”，从根本上说源自两个方面：从客观而言，是因为清王朝所代表的封建专制制度已经进入穷途末日；从主观而言，则是蔡元培饱览群书，厚积而薄发，是长期的学习和思考所做出的选择。
光复会成立的第二年，即1905年，孙中山、黄兴、陈天华等人在日本成立同盟会，比光复会晚了一年。孙中山成立同盟会的原因，是当时中国国内的反清革命团体缺乏统一领导，不能形成合力。鉴于蔡元培的影响，同盟会在成立后，把蔡元培任命为上海分会会长。蔡元培一时成了同盟会和光复会的双料会员。
蔡元培这时可没有考虑自己的小团体利益和宗派，他从革命形势的大局出发，在接受孙中山的委任后，他便积极地说服光复会同志，化解罅隙，把光复会置于同盟会的领导之下，停止以光复会名义在上海的活动。这就为中山先生的革命事业平添了一股生力军，扩大了其在国内的影响。